Para fines del siglo XVI los franciscanos se habían extendido por la mayor parte del territorio mexicano. En el sur se fundaron en 1565 la Provincia de San José de Yucatán. En el centro en ese mismo año se fundó la Provincia de San Pedro y San Pablo de Michoacán. De ella salieron las provincias en el norte, la de Santiago en Jalisco y la de San Francisco en Zacatecas. Hacia fines de ese siglo empezaron las misiones en el estado actual Norteamericano de Nuevo México. Se puede decir así que prácticamente los franciscanos participaron en la evangelización de todo México. Pero no solamente se interesaron en la evangelización. También participaron en el rescate de la antigua cultura mexicana. Ellos crearon la primer escuela de altos estudios de México, en el Colegio de Santa Cruz de Tlatelolco, de donde salieron los primeros humanistas mexicanos, indígenas de la nobleza que dominaban, además de su idioma, las lenguas latina y castellana. Gracias a ellos se salvaguardaron importantes testimonios de la gran cultura mexicana. Un gran investigador mexicano, el Doctor Miguel León-Portilla, sostiene que sin los franciscanos no es posible entender lo que es México.